El Rin'negan (輪廻眼, Ojo del Samsara^?). es el dōjutsu más fuerte de los tres legendarios que existen. Esta técnica legendaria, era posesión del Maestro de los 6 caminos, el creador del ninjutsu moderno. La técnica reapareció en Nagato, un chico de la Aldea Oculta de la Lluvia que quedó huérfano en una guerra de ésta con Konoha. Jiraiya decidió encargarse de cuidar de Nagato y sus compañeros Konan y Yahiko tras encontrase con ellos.^[6]

Con el Rin'negan el usuario puede dominar los cinco elementos y también varios cuerpos, y los ojos de éstos son usados para ver de varios ángulos al oponente en un mismo instante, y detectar cualquier movimiento. Es así que los 6 cuerpos de Pein, en la pelea contra Jiraiya, pueden detectar y esquivar fácilmente los ataques del Sannin. Además permite al usuario realizar jutsus de todos los elementos. También se sabe que cuando pierde un cuerpo puede volver a reponerlo.                               
 

El mensaje descifrado de Jiraiya ha dado a entender, que el verdadero Pain, no está entre ellos, y que los seis cuerpos son controlados por el verdadero desde otra localización que hasta ahora se desconoce en la serie.